賽默飛（Thermo Fisher Scientific）熒光定量PCR儀是一種廣泛應(yīng)用于基因定量分析、基因表達(dá)研究、疾病檢測(cè)等領(lǐng)域的重要工具。其高精度的溫控系統(tǒng)、靈敏的熒光檢測(cè)技術(shù)，使得其成為現(xiàn)代生物學(xué)研究中的儀器之一。在使用熒光定量PCR儀時(shí)，操作規(guī)范、實(shí)驗(yàn)條件的優(yōu)化以及數(shù)據(jù)分析都需要特別關(guān)注。本篇文章將詳細(xì)介紹賽默飛熒光定量PCR儀的使用方法，并提供一個(gè)完整的操作攻略，幫助實(shí)驗(yàn)人員能夠高效、準(zhǔn)確地完成熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)。

一、熒光定量PCR概述

熒光定量PCR（qPCR）是定量聚合酶鏈反應(yīng)（PCR）的一種技術(shù)，利用熒光染料或熒光探針在PCR擴(kuò)增過(guò)程中實(shí)時(shí)檢測(cè)DNA的數(shù)量變化，最終獲得模板DNA的相對(duì)或絕對(duì)定量。熒光定量PCR與傳統(tǒng)PCR的不同之處在于，它能夠?qū)崟r(shí)監(jiān)測(cè)PCR擴(kuò)增的過(guò)程，因此能提供更精確的定量數(shù)據(jù)。

賽默飛的熒光定量PCR儀采用了先進(jìn)的熱循環(huán)和光學(xué)檢測(cè)系統(tǒng)，使得實(shí)驗(yàn)者能夠通過(guò)實(shí)時(shí)熒光信號(hào)的變化來(lái)追蹤PCR反應(yīng)的進(jìn)程。

二、賽默飛熒光定量PCR儀的基本組成與工作原理

1. 基本組成

賽默飛熒光定量PCR儀通常由以下幾個(gè)核心部分組成：

• 熱循環(huán)模塊：用于加熱和冷卻樣本，完成PCR的擴(kuò)增反應(yīng)。它能夠在設(shè)定的溫度范圍內(nèi)快速精確地加熱、冷卻反應(yīng)體系。

• 光學(xué)檢測(cè)模塊：用于實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)PCR反應(yīng)中的熒光信號(hào)。根據(jù)不同的熒光染料或探針，光學(xué)系統(tǒng)能夠分別檢測(cè)不同的熒光波長(zhǎng)。

• 操作界面：通常為觸摸屏或計(jì)算機(jī)界面，用于設(shè)置實(shí)驗(yàn)參數(shù)、控制實(shí)驗(yàn)進(jìn)程及進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。

• 溫控系統(tǒng)：提供高精度的溫度控制，確保PCR擴(kuò)增過(guò)程中的各項(xiàng)反應(yīng)步驟的穩(wěn)定性。

2. 工作原理

熒光定量PCR儀的工作原理是基于PCR擴(kuò)增過(guò)程中，特定的熒光染料或探針與DNA模板的結(jié)合，在每個(gè)擴(kuò)增周期結(jié)束時(shí)，儀器通過(guò)光學(xué)系統(tǒng)檢測(cè)到這些熒光信號(hào)的變化。通過(guò)記錄這些信號(hào)，儀器能夠提供每個(gè)循環(huán)中的熒光數(shù)據(jù)，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)模板DNA濃度的定量分析。

三、賽默飛熒光定量PCR儀的使用步驟

使用賽默飛熒光定量PCR儀進(jìn)行實(shí)驗(yàn)時(shí)，首先需要對(duì)實(shí)驗(yàn)的整體流程有清晰的了解。以下是完整的操作步驟，包括樣品準(zhǔn)備、反應(yīng)體系配制、儀器設(shè)置和數(shù)據(jù)分析等方面。

1. 樣品準(zhǔn)備

• 提取核酸：在進(jìn)行熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)之前，首先需要提取待檢測(cè)樣品中的DNA或RNA。核酸的質(zhì)量和濃度將直接影響PCR實(shí)驗(yàn)的結(jié)果，因此在樣品準(zhǔn)備階段，保證核酸的純度和完整性是至關(guān)重要的。常用的核酸提取方法包括酚/氯仿法、柱式法等。

• RNA反轉(zhuǎn)錄：如果實(shí)驗(yàn)的目標(biāo)是定量mRNA，則需要進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄，將RNA轉(zhuǎn)化為cDNA。此步驟通常使用反轉(zhuǎn)錄酶（如MMLV或AMV）和隨機(jī)引物或oligo(dT)引物進(jìn)行。

2. 反應(yīng)體系配制

熒光定量PCR的反應(yīng)體系通常包含以下組分：

• 模板DNA或cDNA：即待檢測(cè)的目標(biāo)核酸。

• 引物：設(shè)計(jì)針對(duì)目標(biāo)序列的特異性引物，確保只擴(kuò)增目標(biāo)DNA。

• 熒光染料或探針：用于實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)PCR反應(yīng)過(guò)程中的熒光信號(hào)。常見(jiàn)的熒光染料包括SYBR Green，熒光探針則如TaqMan探針。

• PCR緩沖液：提供適合的pH和離子強(qiáng)度，以支持聚合酶的活動(dòng)。

• dNTPs（脫氧核苷酸三磷酸）：提供擴(kuò)增所需的核苷酸。

• 聚合酶：通常使用Taq DNA聚合酶或其改良型聚合酶（如Hot Start Taq），其耐高溫能力使其能夠在PCR反應(yīng)中擴(kuò)增目標(biāo)DNA。

在配制反應(yīng)體系時(shí)，需要確保所有的試劑和樣品均勻混合，并避免引物或探針的降解。

3. 熒光定量PCR儀器設(shè)置

• 開(kāi)機(jī)預(yù)熱：在實(shí)驗(yàn)開(kāi)始之前，確保PCR儀器已經(jīng)開(kāi)機(jī)，并完成溫控系統(tǒng)的預(yù)熱。

• 設(shè)置PCR程序：

• 初始變性：通常在95°C進(jìn)行3-5分鐘，以確保DNA模板變性。

• 循環(huán)階段：包括變性（通常為95°C，30秒），退火（根據(jù)引物的Tm溫度設(shè)定，通常為55-65°C，30秒），延伸（通常為72°C，30秒至1分鐘）。

• 擴(kuò)增階段的熒光檢測(cè)：每個(gè)循環(huán)結(jié)束時(shí)，在延伸步驟之后，熒光信號(hào)將被儀器檢測(cè)并記錄。

• 熒光染料或探針選擇：選擇適合的熒光染料或探針（如SYBR Green或TaqMan探針）。在儀器的設(shè)置中，您需要選擇合適的染料類(lèi)型，并設(shè)定相應(yīng)的波長(zhǎng)。

• 數(shù)據(jù)采集設(shè)置：選擇熒光信號(hào)的采集方式，可以選擇每個(gè)循環(huán)結(jié)束時(shí)進(jìn)行采集，也可以在特定周期時(shí)進(jìn)行數(shù)據(jù)收集。

4. 開(kāi)始實(shí)驗(yàn)

在PCR程序設(shè)置完成之后，啟動(dòng)實(shí)驗(yàn)，儀器將自動(dòng)執(zhí)行預(yù)設(shè)的步驟。此時(shí)，PCR反應(yīng)體系會(huì)經(jīng)歷多個(gè)擴(kuò)增周期，熒光信號(hào)會(huì)在每個(gè)周期后被記錄。通常實(shí)驗(yàn)會(huì)在35-40個(gè)循環(huán)后結(jié)束，具體的循環(huán)次數(shù)取決于實(shí)驗(yàn)的要求。

5. 數(shù)據(jù)分析

• 實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)分析：賽默飛熒光定量PCR儀通常配有先進(jìn)的軟件，能夠?qū)崟r(shí)監(jiān)控PCR反應(yīng)過(guò)程中的熒光信號(hào)變化。軟件可以生成熒光信號(hào)與循環(huán)數(shù)的關(guān)系圖（即熒光曲線），從中可以獲取PCR反應(yīng)的閾值循環(huán)數(shù)（Ct值）。

• Ct值計(jì)算：Ct值（閾值循環(huán)數(shù)）是指熒光信號(hào)達(dá)到設(shè)定閾值時(shí)對(duì)應(yīng)的PCR擴(kuò)增周期數(shù)。Ct值與初始模板量成反比，Ct值越小，模板量越多。

• 定量分析：根據(jù)Ct值，可以使用標(biāo)準(zhǔn)曲線法或相對(duì)定量法進(jìn)行分析。標(biāo)準(zhǔn)曲線法需要通過(guò)已知濃度的標(biāo)準(zhǔn)品制作標(biāo)準(zhǔn)曲線，而相對(duì)定量法則通常采用對(duì)照基因進(jìn)行歸一化處理，比較實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組之間的表達(dá)差異。

四、常見(jiàn)問(wèn)題與解決方案

1. 熒光信號(hào)弱或無(wú)信號(hào)

• 問(wèn)題分析：可能是由于模板濃度過(guò)低，PCR反應(yīng)體系不適，或者熒光染料的選擇不當(dāng)。

• 解決方案：檢查模板的質(zhì)量和濃度，重新優(yōu)化PCR反應(yīng)體系，確保反應(yīng)條件合適。

2. 非特異性擴(kuò)增

• 問(wèn)題分析：可能是由于引物設(shè)計(jì)不良、退火溫度過(guò)低、PCR循環(huán)條件不合適等原因。

• 解決方案：優(yōu)化引物設(shè)計(jì)，提高退火溫度，減少非特異性擴(kuò)增。

3. Ct值不穩(wěn)定

• 問(wèn)題分析：可能是由于實(shí)驗(yàn)條件波動(dòng)，PCR儀器校準(zhǔn)不準(zhǔn)確。

• 解決方案：確保實(shí)驗(yàn)條件穩(wěn)定，并定期校準(zhǔn)PCR儀器。

五、總結(jié)

賽默飛熒光定量PCR儀的使用方法包括從樣品準(zhǔn)備、反應(yīng)體系配制到儀器設(shè)置和數(shù)據(jù)分析的全過(guò)程。掌握這些基本操作步驟，并結(jié)合優(yōu)化實(shí)驗(yàn)條件，能夠確保熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)的準(zhǔn)確性和高效性。在實(shí)際應(yīng)用中，根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)繕?biāo)和需求選擇合適的PCR條件和數(shù)據(jù)分析方法，將大大提高實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性和重復(fù)性。